Mélange d'un scénario de science-fiction et d'une aventure médiévale. basée sur des faits historiques, la trame principale d'Assassin's Creed alterne entre longues phases en Terre Sainte durant la troisième croisade au XIIe siècle, et courtes séquences dans un xxie siècle légèrement futuriste, en 2012
.
Dans le présent, le héros est retenu dans les laboratoires d'Abstergo Industrie,
une entreprise pharmaceutique, qui a également beaucoup d'autres champs
d'activités, tant officiels qu'officieux. Selon l'expression d'un des
personnages : « Ils sont partout ». Ces séquences ne permettent qu'une succincte
exploration des laboratoires, le visage du monde à ce moment n'est que très peu
dévoilé. La technologie présente relève de la science-fiction, la société
Abstergo développe le projet Animus, une machine capable de lire et de décoder
la mémoire génétique, pour accéder à la mémoire d'un des aïeux de la personne
qui se trouve dans la machine, et donc aux souvenirs de cet ancêtre
Dans le passé, le personnage principal évolue en Palestine à l'époque de la
troisième croisade. Il parcourt les villes de Damas, Jérusalem et
Saint-Jean-d'Acre telles qu'elles auraient pu être à cette époque. Le personnage
jouable dans cette époque vient d'être déchu de son titre au sein de sa
confrérie pour n'avoir pas respecté le Credo de l'Assassin (Assassin's Creed en
anglais), trois principes que se doivent d'appliquer les membres de
l'organisation en toutes circonstances : « Jamais l'épée ne versera le sang d'un
innocent. », « L'assassin doit ne faire qu'un avec la foule. » et « Les actes ne
doivent jamais compromettre la fraternité. ». Mêlant personnages fictifs et
personnages historiques, le jeu inclut des figures dirigeantes connues comme
Garnier de Naplouse, Guillaume de Montferrat ou Robert de Sablé. La troisième
croisade qui s'est déroulée de 1189 à 1192 a été menée par trois souverains :
Frédéric Barberousse, Philippe Auguste, et Richard Cœur de Lion. Le but de ces
expéditions était de reprendre Jérusalem (et la Terre sainte) à Saladin. Cette
croisade a eu pour conséquence la reprise de plusieurs ports de la région, et la
libre circulation des pèlerins chrétiens à Jérusalem.